A programação e implementação do Portugal 2020 organizam-se em quatro domínios temáticos:
As 7 regiões de Portugal:
Norte, Centro, Alentejo e R.A. Açores
Co-financiamento dos Fundos: 85%
Algarve
Co-financiamento dos Fundos: 80%
Lisboa e Madeira
Co-financiamento dos Fundos: 50% (Lisboa) e 85% (RAM)